除了代理记账本身有自己的特点之外，不同行业的、不同性质的企业代理记账也有其自身的特点，就拿高新技术企业举例来说吧，高新技术企业代理记账的特点主要表现在科技开发风险准备的的提取、科技开发成本的处理、技术服务活动的会计处理、国家扶持基金的核算等方面的会计处理上。下面我们就简单来介绍介绍。
1、科技开发风险准备的的提取。
科技开发是指企业从事的应用性技术开发活动，也就是将科学研究的成果及其他知识转化为新产品、新工艺，以及对旧产品、旧工艺作重大改进的活动。它不包括研究活动在内。由于科技开发具有高风险性，因而需要采用特殊的处理方法。我国现行会计制度规定，科技尖提取科技开发风险准备，以抵偿可能失败的科技开发成本。这样做的目的，是为了满足谨慎性原则的要求，避免高估资产低估费用。
2、科技开发成本的处理。
主要是科技开发成本费用化还是资本化的问题。财政部于1993年5月颁发的《关于科技企业执行新的行业会计制度有关问题的通知》，规定企业发生的科技开发成本应在一个成本类科目中汇集，开发完成后登记适当的资产科目，但失败项目的成本应冲销预提的科技开发风险准备。
3、技术服务活动的会计处理。
技术服务是指企完善企业报税流程我国企业内部会计控制的思考业对外提供技术性劳务，包括工程设计和承包、技术咨询、技术培训、维修服务等等。技术服务在高新技术企业的经营活动中占有很重要的地位。为了满足国家考核高新技术企业的收入分别进行核算。对此，企业所面临的主要问题是，有时一项交易是技术服务还是商品销售难以区分。一般作法是：凡商品提供附属于技术服务者，应视为商品销售;凡技术服务与商品分别定价者，应视为技术服务与商品销售峡谷项业务同时发生。对于短期技术服务活动，企业于劳务已经提供，并已取得价款或索取价款的凭证时，确认技术服务收入的实现。对于长期技术服务合同，一般应采用完成进度法或完成合同法确认营业收入。
4、国家扶持基金的核算。
为了促进高新按照我国现行法律，对高新技术企业减免税的金额应用为“国家扶持基金”留在企业，用于生产发展，不得用于分配。该规定与对外商投资企业的规定不同，所以就有了特殊处理问题。目前国家科委规定的处理方法是，将“国家扶持基金”作为盈余公积的一部分，并在盈余公积科目下设置明细科目进行核算。企业应在计算所得税时，将减免税金确认为“国家扶持基金”，作为盈余公积入账。