MBBR处理工艺中，反应器中填料是其核心部分。填料选择得当，就可以达到反应器高效运行，否则一旦选用了不适宜的填料，可能导致整个处理过程的失败。流化床生物填料一般应满足下列要求：
（1）良好的水力学特性
填料的水力学特性包括比表面积、空隙率和结构形状等。填料表面是生物膜形成和固着的部位，较大的比表面积是反应器保持高浓度生物量的首要条件，是影响生物膜法处理效果的首要因素。一般来说，大的比表面积是有利的，但比表面积越大，反应器越易堵塞，流经填料内的水流阻力也越大。填料的空隙率越大，其容积利用率越高，水流阻力小，从而减少了反应器堵塞和短流的可能性，同时，填料用量减少，基建投资降低。但是空隙率越高，比表面积和机械强度就越小，填料的结构形状不仅影响笔表面积和空隙率，而且会影响填料之间的水流流态，进而影响废水与生物膜之间的传质和生物膜的更新。填料的形状也影响水力学特性，选择填料的形状时应注意几个方面的因素：对固定化微生物有较好的保护作用，具有较好的传质特性，减少反应器的运行能耗。
（2）机械强度
在大多数生物过程中都存在着不同强度的水力剪切作用以及填料之间的摩擦碰撞过程，特别是MBBR中，这些作用更为明显。因此作为生物膜填料必须具有与所使用生物技术相应的机械强度，如果生物膜填料本身不具有一定的机械强度，那末在其运行过程中势必引起不同程度的破损。这将使得生物膜反应器中所持有的生物量呈不规律变化，导致出水水质的波动。