SCR脱硝系统会降低锅炉整体的效率，主要原因由以下两个方面：（1）增加了锅炉的散热量损失。在锅炉设备中增设SCR脱硝系统会导致锅炉烟道长度出现一定程度的增加，造成换热面积的增大，进而增加锅炉运行过程中的热量损失。（2）提高了空气预热器的漏风程度。由于在锅炉设备中增加了脱硝设备，导致锅炉在工作过程中增加了1kPa左右的压降。为了平衡锅炉设备的系统压力，所采取的措施往往是增加引风量，这会导致空气预热器内部的压力降低、负压增大，从而导致空预器的漏风程度增加。
2对空预器的影响
SCR脱硝系统设置在空预器之前，烟气经过SCR之后进入到空预器与空气进行热量交换。烟道以及脱硝反应器都是额外添加的设备，同时脱硝系统在运行中处于负压状态，增加的SCR系统会增加引风机阻力，同时也会导致空预器漏风量变大。SCR脱硝系统在减少NOX生成的同时也会使SO2到SO3的氧化率降低，但是加装SCR脱硝系统后反应器出口烟气中的SO含量会增加，从而也增加了硫酸铵和硫酸氢铵的生成量。含有高灰分的锅炉烟气流经空预器时，硫酸氢铵容易粘附烟尘后附着在空预器换热元件上，轻则引起空预器换热效率下降和烟道流通阻力增大，严重情况下诱发低温腐蚀问题以及堵塞问题，甚至因未燃烬的煤粉或油雾沉积，引发空预器着火。