CRCC实行总监责任制，设有综合业务部、机车事业部、基础设施事业部、城市轨道设备事业部、投诉监理部等5个专业部门和相应的后勤保障部门。

为了保证认证机构的公正性，2003年4月成立了铁路产品认证管理委员会，2012年改为“铁路产品认证公正性管理委员会”；2011年10月又成立了“城市轨道交通装备认证工作委员会”。

CRCC开展的产品认证工作在国家认证认可监督管理委员会的领导下，按专业领域分别受铁路产品认证公正性管理委员会和城轨装备认证工作委员会的公正性监督管理，以及中国认证机构国家认可管理委员会（CNAS）的指导和监督。

2001年4月，铁道部决定在铁道部产品质量监督检验中心的基础上成立铁路产品认证中心(简称CRCC)，并以铁科教函[2001]97号文向原国家质量技术监督局提交了“关于申请组建中国铁路工业产品质量认证机构的函”，经审查，2002年10月29日中国国家认证认可监督管理委员会向中铁铁路产品认证中心颁发了“认证机构设立批准通知书”，批准号为CNCA-R-2002-102。