认证部亦以铁道部产品质量监督检验中心为基础，主要包括业务部、标准协调部、检查检验部、检验协调部和申诉监理部。

基础部以铁道部标准计量研究所为基础，主要包括：铁路行业标准化研究室、铁路专用计量室、国家轨道衡计量站、国家铁路罐车容积计量站。

CRCC实行主任负责制，设有综合业务部、机车车辆事业部、基础设施事业部、城轨装备事业部和申诉监理部等5个专业部门以及相应的后勤保障部门。

CRCC开展的产品认证工作在国家认证认可监督管理委员会的领导下，按专业领域分别受铁路产品认证公正性管理委员会和城轨装备认证工作委员会的公正性监督管理，以及中国认证机构国家认可管理委员会（CNAS）的指导和监督。