MES系统可以称之为生产制造产业生产和管理方法实现代化的管理中心，假如可以非常好的执行和运用MES，那么将有益于提升公司的生产率、降低消耗成本。那么为什么会有些公司MES执行实际效果不佳呢？
根本原因之一：我国制造业存在管理方法基础的先天发育不足
在我国公司与欧美发达国家公司在管理方法发展上，存有很大的区别。比较发达生产制造国家亲身经历了管理方法探索、发展、成熟、再提升的整个过程，从管理方法基础的奠定到思想意识的深刻程度，是在我国所没法相比的。中国制造业公司从改革开放成就，慢慢接触到西方的管理科学，普遍现象管理方法力量薄弱、思想意识片面性及不深入的状况。
企业管理学上有第六个包子一说，国内公司见到欧美国家上了ERP、MES系统就想：“我上个MES会不会也会做到一样的管理能力？”其实不是，前五个垫底的包子没有吃，立即吃第六个包子，其结果显示必然是公司的心理状态落差很大，不成功都是必然了。
根本原因之二：需求方没有依照具体形成明确的要求总体目标
从早期准备开始，需求方对MES还是很高度重视的，往往也创立团队专职人员负责，找好几个经销商沟通交流，去有关企业参观，一场又一场沟通交流论述。但往往不成功的种子就在这时候埋下了。
首先，招标方对MES有很高的期望，期待长跑进到工业4.0。经销商为了顺从买家，就会得出各种各样高端大气的解决方法，既不管不顾工厂具体，也无论技术成熟情况，什么好好听就讲哪些。一个经销商这般、又一个经销商这般，要求公司就会觉得这就应该是公司要做到的总体目标。
其次，要求公司本身的整体实力不足，内部结构的论述不够，每个部门站在各自角度来提各种各样要求，造成后的要求范围成倍扩大。
后，要求公司明确一个高大全的总体目标后，就要做公开招标工作。公开招标的潜规则不多说了，往往结果显示是低价中标。而低价中标者，无论工作能力如何、具体投入如何，拿单永远放在首位。针对要求公司而言，个人感觉十分良好，你瞧我拿着朗逸的钱买来一辆限量新款奔驰。当真实进到到执行环节以后，经销商就会把总体目标和期望大幅度减少，这个不可以做、那个不可以实现，后要求公司察觉取得的充其量也就是一辆夏利。
根本原因之三：供应商对于国内工厂实际应用存在较大差距
国外的MES的供应商，有自动化背景出身的，如西门子、GE等，它们的特点是技术各有优劣，但对国内的精益管理和工厂实际运作都存在知识储备不足的情况。
再则，这些公司的产品往往脱胎于国外软件或是基于两三个项目开发而成，对于国内的工厂实践，存在不小的差距。
这些厂商与互联网公司相比，都是客户思维而非用户思维，愿意做一些高大上的东西，重视大领导的意见，忽略现场操作员工的感受。再加上恶劣的市场环境，前期操作手法就以中标为主，实际执行中就希望进行各种变更弥补支出。