二者材料不同，原子章的材料已经过印油浸过，用时不用沾印泥，橡皮章是橡胶的用时要沾印泥。
原子章有盖，不用印泥携带方便，油干后可买原子油自己涂抹加油。
原子印章亦称万次印章，属于现代高科技产品。它字迹清晰，印油均匀、鲜艳；防伪性强，不易为一般工具制做；印章印油混为一体，使用方便，盖印迅速快捷，故被列为我国推广使用新产品，许多省市政府都行文规定各机关、团体、工厂、企业必须统一使用原子印章。原子印章和普通印章的区别在于：它的印油一次性注好就可以反复用好多次,而普通印章可就要时刻用印泥。但是原子印章用久了会严重变形而导致银行审核票据时无法核对真伪。因此不能做为银行预留章使用。