1.基础设施仍然薄弱，配送成本仍然偏高。我国电子商务发展迅猛，仓储设备、通讯工具、货物中转等方面的改善常让人耳目一新。但物流基础设施仍不能满足配送成本降低的需要。目前，公路网络体系、物流配送技术和物流配送中心等都难以适应物流配送的要求。不同运输方式、不同运输模式与运输设备之间，缺少来自基础设施方面的支撑，已阻碍了电子商务的健康发展。
相对传统零售业，网络销售有价格优势，多数网络消费者就是被淘宝网店的低价吸引的。但除了虚拟物品不需物流配送外，实物交易都会产生物流费用。物流费用过高，会削弱网络销售的价格优势。目前，我国快递业的价格竞争激烈，在江浙沪地区，民营快递企业500克以下的快递费已降至 6元～8元/件，但即便是这等价格也还常成为网络销售的障碍。
以淘宝网为代表，网络销售商普遍采取“一对一”的单向物流配送，单个卖家的日均配送量小，与快递公司谈判并没有底气，配送成本长期居高也是事出有因。
2.配送时效不尽人意，物流服务水平低。消费者对网购送达的时间要求一般是：同城1天，国内3天～5天，国际7天～10天。实际上，消费者对配送不及时的问题投诉多。2010年3月，2985位网友参与的“女性网友网购满意度调查”发现，配送延迟等配送的时效问题，在快递服务中为严重。
配送时效问题，主要有两类原因：一是配送流程有缺陷，配送环节脱节，商品在途中有无意义的滞留；二是节假日等特殊事件的冲击所致。
3.事故时有发生，物流无保障。物流配送的率不高，是不争的事实。保障低，原因有多方面：，网店交易在多半是单宗交易。一个客户购一件商品，货物一旦受损，配送人员基本上无货可替。第二，快递人员在配送前不能打开外包装，遇到商品受损，难以即时更换。第三，配送人员的素养没能提供足够的保障。目前，配送人员普遍是意识低下，敬业心不强，从事配送之类的工作常是迫于无奈。第四，物流配送方面的法律法规不完善，存在监管真空。