投标保证金保函办理流程如下：

1、申请人填写《保函申请书》并提交招标文件资料、基础交易合同资料及公司对同类工程的履约记录等资料、营业执照、法人代码证书、税务登记证、财务报表、公司的决议等。

2、银行对申请人的的申请内容进行审查。

3、符合规定的，审查通过。双方签订协议，申请人需要提供相应的担保。签定协议，落实保证金或反担保。

4、银行为申请人开立投标保函，投标保函有效期一般为六个月以内，从开出之日起生效。投标保函办理的金额一般为投标报价的1%—5%。