2001年1月，北京大学与深圳市人民政府签署《合作创办北京大学深圳校区协议书》，共同创办北京大学深圳研究生院。经过十七年发展，深圳研究生院依托北大、立足深圳，逐步成为扎根深圳的北京大学研究型国际化校区，北京大学创建世界大学战略的重要组成部分。
秉承北京大学“爱国、进步、民主、科学”的光荣传统；“思想自由，兼容并包”的学术精神，“勤奋、严谨、求实、创新”的优良学风，融合深圳创新、创业，不断改革的城市文化，逐步形成了深研院的办学原则、方针和培养目标：
发展原则：与校本部差异化发展，学科互补；面向深圳，服务广东，辐射华南，为地方经济发展服务
办学方针：前沿领域、交叉学科、应用学术、 国际标准
培养目标：专业知识、综合素质、国际视野、社会责任